Aplikasi Pymol

Studi mengenai kompleksitas struktur makromolekul tidak terlepas dari peran program pemodelan dan visualisasi. Proses visualisasi merupakan salah satu cara untuk memahami lebih mendalam tentang dunia biologi molekular. Saat ini telah banyak perangkat lunak yang dikembangkan untuk keperluan visualisasi struktur ataupun untuk menganalisis hasil simulasi MD mulai dari program yang berbayar sampai program yang bersifat open source atau gratis. Program visualisasi yang saat ini banyak digunakan diantaranya PyMOL (DeLano WL 2002), VMD (Virtual Molecular Dynamics), Rasmol, Jmol, OpenMol, dan Deepviewer.

Kebutuhan program visualisasi bagi studi biologi molekular ataupun MD dapat dilihat dari berbagai aspek. Perangkat lunak visualisasi dibutuhkan untuk beberapa hal diantarnya untuk memvisual

Dengan menggunakan aplikasi ini kita akan dengan mudah mengetahui bentuk molekul, Van der Walls radius, hingga mesh yang dimiliki  oleh suatu molekul.

Berikut cara mudahnya :

Pertama kita harus membuka aplikasinya, akan muncul 2 tampilan yaitu Molecular Graphic System dan Pymol Viewer.

 ·         Klik toolbar build pada Molecular Graphic System , akan muncul banyak pilihan, missal kita pilih fitur Residue → Alanine.

 ·         kemudian apabila anda ingin mengubah-ubah tampilnnya kita bisa memilih fitur-fitur yang ada di sebelah kanan, untuk mengetahui formal charge kita bisa pilih fitur L-toolbar → other properties →formal charge

·         jika ingin mengetahui Van der Walls radius tinggal pilih L-toolbar → vdw radius

·         untuk mengetahui symbols pilih L-toolbar → element symbol

Lalu pilih S-toolbar → dots

Dan kemudian jika ingin mengetahui mesh dan surface pilih S-toolbar→ mesh dan S-toolbar → surface

·         Selanjutnya view dan kemudian Orient

  

Semoga bermanfaat

Selamat mencoba :)